超バイオ系

バイオウェット系がバイオバイオしていないブログ。 基本自分用のまとめ。

Python

Julia tips #3: ODE solverの速度比較 with Python

JuliaではSundials.jlをインストールするだけで、SundialsのODEソルバ、CVODEが使えます!!(マニアックすぎ?) 未知システムのパラメータ推定をする際、数値積分の区間をうまいこと刻まないと値が飛びすぎて計算できなかったり、刻む必要のないところで刻…

Windows Subsystem for Linux + Python + Jupyter + Julia

Windows Subsystem for Linux (WSL)で開発環境を構築する Windows10 Fall Creators Updateにて、WSLが正式版となりました。 以下ではWSLの有効化は事前に行っているものとします。 WSLでは、Linuxが仮想環境ではなくサブシステムとしてWindows上で動く。 細…

os.walkでエラーが出た

pythonの話題。 なお環境はAnacondaで構築して、python3.5となっている。 普段使っていたスクリプトがファイル読み込みでエラーをはいたのでその原因を調べた。 pandasとかいう便利なやつ データ分析する人なら御用達のpandas。 エクセルファイルを簡単に読…