元バイオ系

元バイオウェット系がデータサイエンスやらを勉強していくブログ。 基本自分用のまとめ。

Ubuntuのアップグレード

アップグレードの前に設定を確認

英語版Ubuntu

    1. システム設定
  1. Software & Updates
  2. Updates のタブ を選択
  3. Notify me of a new Ubuntu version で「 For any new version 」を選択

日本語版Ubuntu

  1. システム設定
  2. ソフトウェアとアップグレード
  3. アップデート のタブを選択
  4. Ubuntuの新バージョンの通知 で「 すべての新バージョン 」(デフォルトは長期サポート(LTS)版)を選択

いよいよアップグレード

sudo apt update  
sudo do-release-upgrade

再起動

sudo reboot

development release versionを入れる場合、更に次のコマンドを実行して再起動。

sudo do-release-upgrade -d
sudo reboot

以上。

念の為バージョン確認

lsb_release -a

NeoVim + deinで快適なエディタ生活【Ubuntu 16.04 LTS】

Neovimの導入

neovimのよくあるインストール方法

sudo apt-get install software-properties-common
sudo add-apt-repository ppa:neovim-ppa/unstable
sudo apt-get update
sudo apt-get install neovim

これでとりあえずのインストールは完了。

deinのインストール

これまでのvimなら.vimrcファイルに設定をゴリゴリ書き込んだり、NeoBundleでパッケージしたりします。

なんだか最近はdeinというものでパッケージ管理するのが流行りらしい。

パッケージとneovimそのものの設定を分けて置けるので、パッケージ管理が格段に楽になる。

準備する設定ファイル

  • init.vim (vimでいう.vimrcに相当)
  • dein.toml (パッケージ設定を記述する)
  • dein_lazy.toml (とりあえずはなくても良い)

init.vimは今までの.vimrcと同じノリで書けば良い。

ただ、dein.tomlを読み込むために以下の内容を追記しておく必要がある。

let g:python_host_prog = 'python2のパス'   
let g:python3_host_prog = 'python3のパス'  

let s:dein_dir = expand('deinをインストールする場所のパス')
let s:dein_repo_dir = s:dein_dir . '/repos/github.com/Shougo/dein.vim'      
               
if &runtimepath !~# '/dein.vim'
    if !isdirectory(s:dein_repo_dir) 
        execute '!git clone https://github.com/Shougo/dein.vim' s:dein_repo_dir 
    endif
        execute 'set runtimepath^=' .
fnamemodify(s:dein_repo_dir, ':p')        
endif        

deinでプラグイン管理

deinは便利で良いが…一般人には書き方がわかりにくい。
F言語?というものらしいので、最低限必要なことをまとめておく。
Shogo氏のdenite.nvimを入れる場合、パッケージを入れたいだけならdein.vimにとりあえず以下のように記述する。

[[plugins]]
repo = 'Shougo/denite.nvim'   

同じようにして、どんどん追記していけばいい。
遅延読み込みがしたければdein_lazy.tomlに書き込んでおくらしいが、私は使っていないので紹介できない。

そのうち、プラグイン管理に必要なF言語について必要な部分だけまとめる。

markdownで論文・レポートを書く、実践編【Ubuntu 16.04 LTS】

markdownからwordへ変換する最も簡単な方法

test.mdの中に適当にマークダウン形式で何か書いておく。

<test.md>

# Heading1  
## Heading2  
hogeほげ  

- list
- list
- list

1. list1
1. list2
1. list3

で以下のコマンドを入力

pandoc test.md -o test.docx

test.docxという名前でワードファイルが生成されるはずだ。

もうちょっとステップアップ

ここからが本番。
細かいことは後述するが大まかに以下の3つがあればとりあえず論文が書ける。
図のreferenceは今回取り扱っていないが、(生物系の)投稿論文では図とメインテキストを分けることがほとんどなので問題にならないだろう。

おおまかな手順は以下の通り。 1. 予め、テンプレートとなる書式設定をしたtemplate.docxを準備しておく 1. bibtexやEndnote XMLで引用したいreferenceファイルを作っておく 1. citationスタイルを決めるcslファイルを準備しておく(後述) 引用はmarkdownファイル中の任意の場所で[@hogehoge]とでもすれば良い。

準備ができたら、以下のようにwordを生成すると投稿先スタイルになっている。
投稿先が変わったらテンプレートファイルやcslを差し替えれば良い。
めっちゃ楽!!

pandoc test.md -o test.docx --reference-doc template.docx --bibliography=references.bib --csl style.csl 

–reference-doc template.docx

で書式設定

–bibliography=references.bib

でリファレンス埋め込み

–csl style

でcitationスタイルを決定している。

さいごに

texを使いたいのに、texで論文書いてるとボスに殺される人もハッピー!!

markdownで論文・レポートを書く、環境準備編【Ubuntu 16.04 LTS】

論文やレポートの体裁を整えるのはひたすら苦痛だ。

  • ワードは書きやすいけど数式に弱いし面倒くさい。
  • Latexは数式や体裁を整えることが得意だが、可読性が低い。
  • markdownは数式にも強いし可読性も高いが、citationが苦手。

これらのいい所だけ集めたのがpandocだ。 markdown、word、texファイルを相互に変換できる。 (本当はもっと色々できる)

中途半端な感じかと思ったが、凄かったので備忘録を残しておく。 たくさん書くのは疲れるので環境準備編と実践編に分ける

Latex環境の構築

pandoc環境の前にLatexをインストールしておく。 細かい仕様は確認していないが、Latexを入れておかないとpdf化ができないらしい。

apt-get update

apt-get upgrade

sudo apt-add-repository ppa:texlive-backports/ppa

sudo apt-get install texlive-lang-cjk

test.texという名前で以下を保存

¥documentclass{jarticle}
¥begin{document}
hogeほげ
¥end{document}

正しくインストールされたことを確認

platex test.tex

dvipdfmx text.dvi

test.pdfが生成されたはず。

pandocのインストール

pandoc単独で入れてもいいが、anacondaを使ってpythonをインストールするとついてくる。

anacondaのubuntu版をダウンロード
https://www.continuum.io/downloads

ダウンロードしたディレクトリに移動して、以下のコマンドでインストール

bash ~/Downloads/Anaconda3-4.4.0-Linux-x86_64.sh
python –version

以下のようにpythonのバージョンが出力されればうまく行っている。
Python 3.6.1

pandocも確認しておく

which pandoc

pandocのpathが出力されれば成功している。

はじめました

ブログ作りなおすのももう何回目かわかりませんが、ユーザー登録しなおして個人が特定されない形にしました。

そのうちツイッターとの連携も取れたらいいと思っています。

このブログでは主にプログラミング(Python, Julia)だったり、統計だったりを書いていく予定です。

ときどきpythonで画像処理する方法とかについても書いていくかもしれません。

気が向いたら書いていきます。