元バイオ系

元バイオウェット系がデータサイエンスやらを勉強していくブログ。 基本自分用のまとめ。

2017-01-01から1年間の記事一覧

Julia tips #3: ODE solverの速度比較 with Python

JuliaではSundials.jlをインストールするだけで、SundialsのODEソルバ、CVODEが使えます!!(マニアックすぎ?) 未知システムのパラメータ推定をする際、数値積分の区間をうまいこと刻まないと値が飛びすぎて計算できなかったり、刻む必要のないところで刻…

Julia tips #2: ファイル検索

スタックオーバフローより。 「組み込み関数はないけどワンライナーで書けるよ」 とのこと。 関数化したほうが便利ですね。以下コードです。 searchdir(path,key) = filter(x->contains(x,key), readdir(path)) readdir (path) 渡したpathの中にあるディレク…

Julia tips #1:【超簡単】コードのテスト

テストマクロについてのメモ(2017/12/03時点) 環境 windows 10 Pro (Fall Creators Update) WSL有効化済み WSLのbashにて実行 環境構築の仕方はこちらをどうぞ hotoke-x.hatenablog.com テストマクロの使い方 まずはJuliaのバージョン確認から $ julia --v…

Windows Subsystem for Linux + Python + Jupyter + Julia

Windows Subsystem for Linux (WSL)で開発環境を構築する Windows10 Fall Creators Updateにて、WSLが正式版となりました。 以下ではWSLの有効化は事前に行っているものとします。 WSLでは、Linuxが仮想環境ではなくサブシステムとしてWindows上で動く。 細…

Google Driveで文献管理 Paperpileが凄い

研究者を悩ませる文献管理 研究者にとって、増え続ける論文は仕事の効率を悪くする。 ほしい文献がどこに行ったか覚えていない supporting informationどこよ ファイルがダブっている てか読んだっけ? なんてことは日常茶飯事で困っていた(情報整理とか豆…

os.walkでエラーが出た

pythonの話題。 なお環境はAnacondaで構築して、python3.5となっている。 普段使っていたスクリプトがファイル読み込みでエラーをはいたのでその原因を調べた。 pandasとかいう便利なやつ データ分析する人なら御用達のpandas。 エクセルファイルを簡単に読…

Ubuntuをアップデートしたらネットに繋がらなくなった

いつもの調子でsudo update!!PC すると突然、DNSエラーが出てネットに繋がらなくなった。 同じ症状で困っている人もいると思うので記録しておく(調べれば一瞬で解決だけど)。 DNSサーバーって? 雑な言い方をすると、google、yahooなどの名前からIPアドレ…

UbuntuでOneDriveを使いたい

Ubuntuで直感的にOneDriveを使いたい。 rcloneとかいう便利なソフトがあるらしい。 GUIもあるから設定してみた。 そんなお話。 rcloneってなに Linux使いならよーくご存じだと思われるrsyncのクラウドバージョン。 それがrclone。 色々なクラウドストレージ…

Ubuntuのアップグレード

アップグレードの前に設定を確認 英語版Ubuntu システム設定 Software & Updates Updates のタブ を選択 Notify me of a new Ubuntu version で「 For any new version 」を選択 日本語版Ubuntu システム設定 ソフトウェアとアップグレード アップデート の…

NeoVim + deinで快適なエディタ生活【Ubuntu 16.04 LTS】

Neovimの導入 neovimのよくあるインストール方法 sudo apt-get install software-properties-common sudo add-apt-repository ppa:neovim-ppa/unstable sudo apt-get update sudo apt-get install neovim これでとりあえずのインストールは完了。 deinのイン…

markdownで論文・レポートを書く、実践編【Ubuntu 16.04 LTS】

markdownからwordへ変換する最も簡単な方法 test.mdの中に適当にマークダウン形式で何か書いておく。 <test.md> # Heading1 ## Heading2 hogeほげ - list - list - list 1. list1 1. list2 1. list3 で以下のコマンドを入力 pandoc test.md -o test.docx t…

markdownで論文・レポートを書く、環境準備編【Ubuntu 16.04 LTS】

論文やレポートの体裁を整えるのはひたすら苦痛だ。 ワードは書きやすいけど数式に弱いし面倒くさい。 Latexは数式や体裁を整えることが得意だが、可読性が低い。 markdownは数式にも強いし可読性も高いが、citationが苦手。 これらのいい所だけ集めたのがpa…

はじめました

ブログ作りなおすのももう何回目かわかりませんが、ユーザー登録しなおして個人が特定されない形にしました。 そのうちツイッターとの連携も取れたらいいと思っています。 このブログでは主にプログラミング(Python, Julia)だったり、統計だったりを書いて…