元バイオ系

元バイオウェット系がデータサイエンスやらを勉強していくブログ。 基本自分用のまとめ。

2018-01-01から1年間の記事一覧

固有値と固有ベクトル

固有値と固有ベクトルについてメモ。 何をしているかはわかっているけど、何が起きているかがわかっていなかった。 「固有」ってなんだよと思っている 行列の掛け算で何が起きてるのかイメージがわかない そんな人たちは参考になるかも。 数弱なので間違いが…

【数理統計】Fisher情報量とクラメール・ラオ下限(CR下限)

Fisher情報量って何なのか理解したかっただけ。 Fisher情報量がわかれば、クラメール・ラオ下限(不偏推定量の分散の下限)がわかる。 備忘録として簡単にまとめておく。 前提として、不偏推定量についてだけ考えるものとする。 不偏推定量に関してはこちら …

Julia1.0でマクロを@docしまくった

タイトルの通りである。 「Juliaのマクロ、全然わからん」 と思ったので、とりあえず@の後にtabを打って出てくるマクロすべてについて@docしてみた。

【Julia】Julia-1.0.0のProjectを試す【仮想環境?】

Julia1.0.0が遂にリリースされました。 仮想環境っぽいものを作って環境の切り替えができるようなので、試してみます。 Projectの作成 Anaconda Pythonではconda createコマンドで仮想環境を作れました。 Julia1.0.0ではProjectと呼ぶようです。 Anacondaで…

文献検索、管理、メモを1つの画面で完結させる

文献管理ソフトの紹介です。 以前にPaperpileが凄いって紹介をしました。 hotoke-x.hatenablog.com 個人的には好きなんですが、wordとの相性が悪い... もっと良いのはないかと思ってたらReadcubeがありました。 数か月使ったので良い部分を簡単に紹介してい…

JuliaでPRML:ベイズ曲線フィッティング

やってみた。 コードは qiita.com をかなり参考にさせてもらっています。 計画行列が自力ではうまく使えないので若干コードに不安ありです。

JuliaでPRML:多項式曲線フィッティング

Juliaの勉強も兼ねてPRMLの多項式フィッティングを実装してみた。 誤差関数書いたけど、今回は解析的にパラメータが出てくるので結局使っていない。 GAとかMCMCとかでパラメータ推定して性能見てみるのもいいかも。 計画行列をうまく使えるようになりたい。

【数理統計】ラオーブラックウェル化(Rao-Blackwellization)

理解したいのはこっちでした。 本質的には同じ問題だけど。 ラオーブラックウェル化(Rao-Blackwellization)は、条件付き期待値を利用して期待値を計算する方法です。 サンプルが独立なら、ブラックウェルーラオの定理より直接期待値を計算するより精度が良…

【数理統計】ブラックウェルーラオ(Blackwell-Rao)の定理

はい。 私がちゃんと理解したかった定理です。 復習したら見た瞬間理解したのですが、一応メモっておきます。 初学者向けの説明がなかなかネットに落ちていなかった(気がする)ので。 初めに行っておくと、この定理は 「十分統計量で条件づけた不偏推定量の…

【数理統計】最尤推定量とバイアス

尤度 尤度については hotoke-x.hatenablog.com を参照。 例によって離散か連続かはあまり気にせず書きます。 尤度関数とは、母集団分布からの独立標本が得られたとき、確率関数から同時確率関数を母数の関数と見た $$L_n (\theta | x_1, \ldots, x_n) = \pro…

【数理統計】尤度関数と十分統計量

勉強したことを自分なりにまとめたものです。 間違い等があれば指摘していただけると嬉しいです。 私は「せいきぶんぷ~?」、「のんぱらめとりっく~?」という状態から 応用を目指す数理統計学(国友 直人) で勉強しました。初学者が手を出すには敷居が高…

Julia tips #9: CVODE (Sundials.jl) の数値積分が終わらない時の回避方法

追記 どうやら、せっかく設定したhminは内部でフラグチェックが行われないようです。 solve関数のmaxitersオプションで対応するしかないかもしれません。 また後程検証してみます。 以下は検証が十分ではありません。 ソルバ自体の動作に支障はありませんが…

Julia tips #8: パッケージの追加に失敗したとき

自宅PCにDifferentialEquations.jlを追加しようとしたら以下のようなエラーが... julia> Pkg.add("DifferentialEquations") ERROR: resolve is unable to satisfy package requirements. The problem was detected when trying to find a feasible version f…

Julia tips #7: Juliaでプロットのlegendを手動で変更したい

Juliaのプロットにて、legendの変更で躓いたので色んなバックエンドで簡単に試してみた。 Plotlyでのプロットが消えてしまいましたが、まぁいいでしょう。 legendをプロットの外へ移動したい場合はどうすればいいんだろうか... 解決しました。 これではだめ…

Jupyter notebookのフォントを変える(Windows 10)

Juliaで下付き文字を使うときにあまりにも見にくかったので、フォントを変えて多少なり誤魔化したいというのが事の発端。 幾らでも情報は転がっていますが、ぱっと調べた感じだとWindowsでいじっているのを見かけなかったので、念のためのメモ書きです。 以…

Windows 10でJulia専用のPython仮想環境を作る

Juliaでは、Pythonを呼び出して使うことができます。しかし、何も考えずに使おうとするとMinicondaのPython 2.7がインストールされてしまいます(2018/02/01現在)。 そこで、Anacondaで作ったJulia専用の仮想環境を作って、その中でJulia用のPythonパッケー…

Julia tips #6: Multiple-Try Metropolisを実装してみた

Multiple-Try Metropolis (MTM)って? メトロポリス・ヘイスティングスの多数決バージョンです。 今いる場所から次の候補を複数生成し、その値周辺が今いる場所より尤もらしければ候補の中の1つへ移動します。 細かい話を書く元気がないので、理論的な背景は…

Julia tips #5: MCMC法(Metropolis-Haisting法)を実装してみた

JuliaにてMCMC法(Metropolis-Haistings法)を実装してみました。 コードの利用・改変・再配布は自由にして構いませんが、何か起きても責任は取りません。 一部いらない変数や無駄実装が混じってます。動作に問題はありません。バイオ実験系なので許して...…

Julia tips #4: Cairoのインストールに失敗する

環境 Windows 10 HOME Julia 0.6.2 JuliaでグラフをプロットするライブラリとしてはGadlyが有名?ですが、プロットをpng形式で保存するためにはCairoというパッケージが必要です。 そこでPkg.add("Cairo")したらインストールに失敗したというお話。 解決法も…